| คณะเกษตรศาสตร์และทรัพยากรธรรมชาติ |
| คณะเทคโนโลยีสารสนเทศและการสื่อสาร |
| คณะนิติศาสตร์ |
| คณะพยาบาลศาสตร์ |
| คณะแพทยศาสตร์ |
| คณะเภสัชศาสตร์ |
| คณะวิทยาการจัดการและสารสนเทศศาสตร์ |
| คณะวิทยาศาสตร์ |
| คณะวิทยาศาสตร์การแพทย์ |
| คณะวิศวกรรมศาสตร์ |
| คณะศิลปศาสตร์ |
| คณะสถาปัตยกรรมศาสตร์และศิลปกรรมศาสตร์ |
| คณะสหเวชศาสตร์ |
| วิทยาลัยพลังงานและสิ่งแวดล้อม |
| วิทยาลัยการศึกษาต่อเนื่อง |
| วิทยาลัยการจัดการ |
| วิทยาเขตเชียงราย |
| ศูนย์บริการและสนับสนุนนิสิตพิการ |
| กองกลาง |
| กองการเจ้าหน้าที่ |
| กองกิจการนิสิต |
| กองคลัง |
| กองแผนงาน |
| กองอาคารสถานที่ |
| กองบริหารงานวิจัยและประกันคุณภาพการศึกษา |
| กองบริการการศึกษา |
| ศูนย์บรรณสารและสื่อการศึกษา |
| ศูนย์บริการเทคโนโลยีสารสนเทศและการสื่อสาร |
| ศูนย์ให้บริการและสนับสนุนนิสิตพิการ |
| โครงการจัดตั้งศูนย์ศิลปวัฒนธรรมล้านนา (ไต) |
| โครงการจัดตั้งศูนย์ภาษา |
| โครงการจัดตั้งศูนย์บ่มเพาะวิสาหกิจมหาวิทยาลัยพะเยา |
| โครงการจัดตั้งศูนย์ภูมิภาคเทคโนโลยีอวกาศและภูมิสารสนเทศภาคเหนือ |
| หน่วยตรวจสอบภายใน |
| สำนักงานสภามหาวิทยาลัยพะเยา |
| สำนักบริหาร |
| ผู้บริหาร |
| ส่วนงานปฏิบัติการ |
| รองอธิการบดีฝ่ายกิจการพิเศษ |
| มหาวิทยาลัยพะเยา |
| รองอธิการบดี |
| โครงการจัดตั้งศูนย์การเรียนรู้ทางอิเล็กทรอนิกส์ |
| โรงเรียนสาธิตมหาวิทยาลัยพะเยา |
| คณะทันตแพทยศาสตร์ |
| หน่วยธาลัสซีเมีย |
| ทดสอบ |
| หน่วยเทคโนโลยีชีวภาพ |
| หน่วยปฏิบัติการวิชาชีพการโรงแรมและการท่องเที่ยว |
| วิทยาลัยการศึกษา |
| ศูนย์วิจัยสัตว์ทดลอง |
| อุทยานวิทยาศาสตร์ มหาวิทยาลัยพะเยา |
| ศูนย์เครื่องมือกลาง |
| ศูนย์บ่มเพาะวิสาหกิจ มหาวิทยาลัยพะเยา |
| ศูนย์เครือข่ายความร่วมมือ เพื่อพัฒนาเชิงพื้นที่แบบสร้างสรรค์ |
| คณะรัฐศาสตร์และสังคมศาสตร์ |
| หน่วยบริหารความเสี่ยง |